LPD Al-Bahjah dikelola oleh Yayasan yang ditunjuk dan disahkan oleh Buya Yahya selaku pendiri dan pembina.
Ketua Yayasan LPD Al-Bahjah membentuk beberapa divisi yang memiliki fungsi dan peran untuk membantu Yayasan dalam melakukan tata kelola LPD Al-Bahjah.
Pendiri & Pembina
K.H. Yahya Zaenul Mu’arif, Lc. MA. (Buya Yahya)
Ketua Umum Yayasan
Ust Bambang Siswanto
Ketua 1
Ust Fadli Aziz
Ketua 2
H. Agus Mustofa
Sekretaris Yayasan
Ust Nur Hudaya
Bendahara Yayasan
R. Toni Zainal Hasan
Ketua Divisi Pondok & Pesantren
Ust Iik Ikbal Nawawi
Ketua Divisi Pendidikan Formal
Ust Gunawan, M.Pd
Ketua Divisi SDM & Organisasi Tata Laksana
Ust Haris Nur Sobari
Ketua Divisi Ekonomi Syariah
H. Sukron Abdulloh
Ketua Divisi Media & Dakwah
Ust Randi
Ketua Divisi ZISWAF
H. Deni Rahdian
Ketua Divisi Umum
H. M Rofii Alawi