LPD Al-Bahjah dikelola oleh Yayasan yang ditunjuk dan disahkan oleh Buya Yahya selaku pendiri dan pembina.
Ketua Yayasan LPD Al-Bahjah membentuk beberapa divisi yang memiliki fungsi dan peran untuk membantu Yayasan dalam melakukan tata kelola LPD Al-Bahjah.
Pendiri & Pembina
K.H. Yahya Zaenul Mu’arif, Lc. MA. (Buya Yahya)
Ketua Umum Yayasan
Ust Bambang Siswanto
Sekretaris Yayasan
Ust Nur Hudaya
Bendahara Yayasan
R. Toni Zainal Hasan
Ketua Divisi Pondok & Pesantren
Ust Maulid Johansyah
Ketua Divisi Pendidikan Formal
Ust Lili Ghozali
Ketua Divisi SDM & Organisasi Tata Laksana
Ust Haris Nur Sobari
Ketua Divisi Ekonomi Syariah
Ust Fadli Aziz
Ketua Divisi Media & Dakwah
Ust M. Romli Jamali
Ketua Divisi ZISWAF
Ust Toto Haryanto
Ketua Divisi Umum
Zainal Ahmad Khafit